Heather Mason anyjával ottragadt a végtelen alternatív valóságok egy közelikében, ám Rose-nak sikerül visszaküldenie a lányt világunkba. Hat év telik el, Harry és Heather álnevek mögé rejtőzve vándorolnak városról városra, ugyanis az ijesztő víziók gyötörte lányt el akarják rabolni. Végül az apát ragadják el, csak egy vérrel írott, kedves invitálás marad a falon: "Gyere Silent Hillbe!". Az elveszett lelkek folyamatosan köd lepte városa ez, ahol hamu hull alá az égből, s melyet a megégetett Alessa rémálmai megrontottak... Heathernek az elmegyógyintézetben kell a Harry utáni nyomozást megkezdenie, s kicsit sem meglepő módon hamarosan találkozhatunk groteszk helybéli cimboráinkkal, a mozgásra támadó nővérkékkel és a hatalmas vágófegyverét vonszoló Piramisfejjel.